Theo HEPZA, KCX Tân Thuận là đơn vị đầu tiên xây dựng nhà máy XLNT tập trung (năm 1996) với công suất thiết kế 10.000 m3/ngày. Tiếp theo từ năm 1999 đến năm 2005, 05 KCX/KCN bao gồm: Linh Trung, Linh Trung 2, Lê Minh Xuân, Tân Tạo (giai đoạn 1), Tân Bình đã tiến hành xây dựng và hoàn thành nhà máy XLNT tập trung. Từ năm 2006 đến 2008, HEPZA đã tập trung đôn đốc, chỉ đạo các KCN còn lại xây dựng nhà máy XLNT tập trung. Đến năm 2009, 13/13 KCX/KCN đã có nhà máy XLNT đi vào vận hành. Trong 03 KCN đang triển khai xây dựng cơ sở hạ tầng thì KCN Đông Nam đang xây dựng 01 trạm XLNT công suất 5.000 m3/ngày, KCN An Hạ đã xây dựng xong trạm XLNT công suất 2.000 m3/ngày đang vận hành với công suất 100 m3/ngày, KCN Tân Phú Trung xây dựng nhà máy XLNT tập trung có công suất 4.000 m3/ngày đang vận hành công suất 600 m3/ngày. Tổng công suất xử lý bình quân 44.000 m3/ngày trên tổng công suất thiết kế của các trạm XLNT của các KCN là 70.800 m3/ngày đêm. 

Lãnh đạo HEPZA cho biết, qua kiểm tra, các hệ thống XLNT tập trung của các KCX/KCN vận hành ổn định, chất lượng đạt quy chuẩn xả thải, đa số các chỉ tiêu đạt QCVN 40:2011/BTNMT. Tuy nhiên có một số thời điểm, tại một số KCN có một vài chỉ tiêu vượt quá quy chuẩn cho phép do doanh nghiệp xả nước thải vượt quy chuẩn đấu nối, các trường hợp này cũng đã bị xử phạt các hành vi này. HEPZA cũng thường xuyên kiểm tra, lấy mẫu để đánh giá hiệu quả hoạt động xử lý nước thải để kịp thời chấn chỉnh. Để tăng cường việc giám sát chất lượng nước thải và theo chỉ đạo của UBND TP.HCM, HEPZA đã yêu cầu các Công ty phát triển hạ tầng KCX/KCN lắp đặt hệ thống quan trắc tự động chất lượng nước thải sau hệ thống XLNT tập trung, đến cuối Quý III năm 2014 đã có 11 KCX/KCN đã có hệ thống quan trắc tự động 04 chỉ tiêu nước thải sau xử lý theo quy định, còn KCN Lê Minh Xuân, KCN Đông Nam dự kiến cuối năm 2014 lắp xong, KCN An Hạ dự kiến Quý II/2015 lắp đặt, KCN Cát Lái II lắp đặt sau khi cải tạo xong hệ thống XLNT tập trung vào tháng 6/2015.