Nhóm nhiệm vụ thứ hai là nâng cao năng lực cán bộ về công nghệ sinh học phục vụ lĩnh vực bảo vệ môi trường.
Nhóm nhiệm vụ thứ ba là tăng cường trang thiết bị và cơ sở vật chất phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.
Thứ tư là phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong quan trắc, đánh giá chất lượng môi trường.
Thứ năm là phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong xử lý ô nhiễm, khắc phục sự cố môi trường, cải tạo và phục hồi các hệ sinh thái.
Thứ sáu là nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học để tạo ra các công nghệ, sản phẩm thân thiện với môi trường, sản xuất nhiên liệu sinh học.
Thứ bảy là nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học để lưu giữ, bảo tồn và sử dụng hợp lý tài nguyên đa dạng sinh học.
Thứ tám là nghiên cứu xây dựng và hoàn thiện các phương pháp đánh giá nhằm kiểm soát, quản lý hiệu quả công nghệ và sản phẩm công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.
Một trong những mục tiêu cụ thể là phát triển và ứng dụng từ 5-10 loại chế phẩm sinh học để xử lý chất thải và được đăng ký lưu hành theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Đến năm 2020, bảo đảm kiểm soát và đánh giá được chất lượng, hiệu quả, độ an toàn của công nghệ và sản phẩm công nghệ sinh học ứng dụng trong lĩnh vực bảo vệ môi trường tại Việt Nam. Đào tạo được 300-400 kỹ thuật viên trong nước và tham gia đào tạo được 20-30 thạc sỹ và 10-15 tiến sỹ công nghệ sinh học môi trường trong khuôn khổ các đề tài, dự án, nhiệm vụ của Đề án.
Các nhiệm vụ thực hiện Đề án bao gồm nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong phòng ngừa và xử lý ô nhiễm môi trường, ưu tiên đối với xử lý chất thải y tế; chất thải công nghiệp; chất thải nguy hại; chất thải đặc thù trong hoạt động an ninh, quốc phòng; nghiên cứu và ứng dụng công nghệ sinh học trong cải tiến quy trình công nghệ theo hướng thân thiện môi trường và sản xuất sạch hơn. Trong đó, có ưu tiên phát triển và ứng dụng các tổ hợp các chất có hoạt tính sinh học cao và vi sinh vật để tạo ra các sản  phẩm thân thiện môi trường hoặc thay thế các hóa chất nguy hại trong quá trình sản xuất của một số ngành kinh tế quan trọng.

Theo Báo Đắk Lắk