.- Năm 1892, ông đi học và nổi tiếng học giỏi. Bạn cùng học với ông là Huỳnh Thúc Kháng (kém ông 4 tuổi).

- Năm 1900, ông đỗ Cử nhân. 

- Năm 1901, ông đỗ Phó bảng, đồng khoa với tiến sĩ Ngô Đức Kế và Nguyễn Sinh Sắc. 

- Năm 1902, ông vào học Trường Hậu bổ, sau ra làm Thừa biện Bộ Lễ. Ít lâu sau ông từ quan, hoạt động cứu nước. Ông kết giao vơi nhiều sĩ phu yêu nước như Huỳnh Thúc Kháng và Phan Bội Châu. Ông và Phan Bội Châu tâm đắc về nhiệt huyết cứu nước, nhưng ông không tán thành đường lối của Phan Bội Châu dựa vào Nhật để đấu tranh vũ trang chống Pháp. Ông cùng các bạn đi khắp Việt Nam cổ vũ đấu tranh và liên kết trí thức, văn sĩ yêu nước. 

- Trong thời gian từ 1902 đế 1905, Phan Chu Trinh có dịp học những tác phẩm có tư tưởng cách mạng của Jean-Jacques Rousseau, Montesquieu, Voltaire... Càng tiếp xúc nhiều với các quan trường, Phan Chu Trinh càng thấy rõ cảnh thối nát , hủ bại trên đường cử nghiệp.

- Năm 1905, ông xuất dương sang Nhật Bản rồi sang Pháp chủ trương dựa vào Pháp để tiến hành cải cách, thực hiện tự do dân chủ, lật đổ chế độ phong kiến, làm cho dân giàu, nước mạnh, tiến lên giải phóng dân tộc.

- Năm 1906, ông bí mật sang Nhật Bản gặp Phan Bội Châu, khởi xướng Duy tân, cải cách nước nhà. Sau khi về nước, ông ra sức tuyên truyền chủ trương cải cách của mình và đã trở thành một trong những người lãnh đạo xu hướng cải lương hồi đầu thế kỷ 20. Ông gửi cho Toàn quyền Paul Beau một bức thư dài đề ngày 15-8-1906. Trong thư, Phan Châu Trinh chỉ trích Chính phủ Pháp không lo mở mang khai thác hóa cho dân mà chỉ lo thu thuế cho nhiều, do đó dân đã khổ càng khổ hơn. Ông đề nghị chính phủ Đông Dương nên thay đổi thái độ đối với sĩ dân nước Nam, cải tổ mọi chính sách cai trị.

Bức thư được công bố đã gây tiếng vang lớn trong nhân dân, công khai nói lên tâm trạng bất mãn của dân chúng và khẳng định quyết tâm cải biến hiện trạng của đất nước. Bức thư của Phan Chu Trinh đã có ảnh hưởng rộng lớn trong nhân dân. Ông bắt đầu hoạt động mạnh, hô hào tổ chức nhiều buổi diễn thuyết tại trường Ðông Kinh Nghĩa Thục. Thực dân Pháp để ý căm thù và triều đình Huế cũng rất bực tức, quyết tìm cách hãm hại ông. Nhưng Phan Chu Trinh vẫn không màng đến, ông đứng ra lãnh đạo phong trào Duy tân, khuyến khích đồng bào mở trường dạy học, lập các hội buôn như Ðông Kinh Nghĩa Thục, Hồng Hưng Tân, công ty Minh Tân, ông cảm hóa được rất nhiều nhân sĩ. Phan Chu Trinh lại hô hào thanh niên vận Âu phục, cắt tóc ngắn, ủng hộ các sản phẩm và hàng nội hóa để giúp cho nền kinh tế trong nước được dồi dào. Ða số thanh niên trong toàn quốc đã nhiệt liệt hưởng ứng phong trào Duy tân này .

- Tháng 7-1907, Phan Châu Trinh ra Hà Nội tham gia giảng dạy ở Đông Kinh nghĩa thục, những buổi diễn thuyết của ông có rất đông người đến nghe. Ông mở rộng giao du với cả một số người Pháp.

Năm 1908, vụ Hà thành đầu độc ở Hà Nội và phong trào chống thuế của nông dân Trung Kỳ nổ ra và bị thực dân Pháp đàn áp, tháng 4-1908 ông bị bắt tại Hà Nội, tháng 6-1908 bị đày ra Côn Đảo. 

- Năm 1910, nhờ Hội Nhân quyền Pháp can thiệp, ông được trả lại tự do, nhưng bị quản thúc tại Mỹ Tho. Tuy nhiên, ông viết thư cho Toàn quyền đòi được sang Pháp hoặc trở lại Côn Đảo, nhất định không chịu cảnh bị giam lỏng ở Mỹ Tho. Nhân dịp có nghị định ngày 31/10/1908 của chính phủ Pháp về việc lập một nhóm giảng dạy tiếng Hán tại Pháp, năm 1911, chính quyền Đông Dương cử một đoàn giáo dục Đông Dương sang Pháp, có cả Phan Châu Trinh và con trai là Phan Châu Dật.

- Sang Pháp, ông ở nhà luật sư Phan Văn Trường, mở một hiệu sửa ảnh, sống thanh bạch (Nguyễn Tất Thành cũng từng làm việc tại cửa hiệu của ông). Ông tìm cách liên hệ với những người trong Liên minh Nhân quyền và Đảng Xã hội Pháp. Ông cũng có những cuộc tiếp xúc với các nhóm Việt kiều và các đảng phái tiến bộ, thảo luận vấn đề độc lập, tự do, dân chủ. 

- Năm 1913, Phan Châu Trinh tập hợp, chỉnh lý hoàn thiện một số công trình chuyên khảo, chính luận viết bằng chữ Hán như Trung Kỳ thuế sưu hà trọng..., Đông Dương chính trị luận, Pháp - Việt liên hiệp hậu chi Tân Việt Nam, Đại Việt sử ký toàn thư: Tự tùy bút... Diễn ca tác phẩm Giai nhân kỳ ngộ.

- Năm 1914, ông lại bị bắt giam vào ngục San té vì tình nghi có liên hệ với nước Đức. Nhờ sự can thiệp của Đảng Xã hội Pháp, nên ông mới được thả ra. Thời gian này ông sáng tác Santé thi tập và chép lại các thơ văn đã làm trước đó.

- Năm 1917, Phan Châu Trinh, Phan Văn Trường, Nguyễn Tất Thành thành lập Hội người Việt Nam yêu nước tại Pháp.

- Ngày 19/6/1919, ông cùng với Phan Văn Trường, Nguyễn Thế Truyền và Nguyễn Tất Thành soạn "Bản Yêu sách của nhân dân An Nam" gửi cho Hội nghị Versailles, ký tên chung là Nguyễn Ái Quốc, làm nổ ra "quả bom chính trị" chấn động tại nước Pháp.

- Năm 1920, Phan Châu Trinh hội kiến với Bộ trưởng Bộ thuộc địa Anbe Sarô đòi hỏi cải cách chính trị ở Đông Dương. 

- Năm 1922 khi vua Khải Định sang Pháp dự đấu xảo Marseille, ông viết một bức thư dài "Thất điều thư" buộc tội Khải Định 7 điều và khuyên vua về nước gấp, đừng làm nhục quốc thể (quen gọi là Thất Điều Trần hay Thư Thất Điều).

- Năm 1925, ông về Sài Gòn tiếp tục hoạt động theo xu hướng cải lương, kêu gọi dân quyền, dân sinh, dân khí. Ông diễn thuyết hai lần ở Sài Gòn: Đạo đức và luân lý Đông Tây và Quân trị chủ nghĩa và dân trị chủ nghĩa.

- Năm 1926, Phan Châu Trinh trở bênh nặng. Ông mất ngày 24/3/1926 tại Sài Gòn. Ngày 4/4/1926, lễ an táng ông được cử hành hết sức trọng thể theo tinh thần một lễ quốc tang. Lễ vọng điếu thụ tang được tổ chức hầu khắp các tỉnh thành trong cả nước. Lễ truy điệu để tang ông là cuộc biểu dương tinh thần dân tộc - dân chủ của phong trào yêu nước lúc bấy giờ, bất chấp sự ngăn cản của thực dân.

Sau khi mất, tinh thần yêu nước của ông vẫn cổ vũ phong trào trong nước, đặc biệt là trong thanh niên, học sinh đã dấy lên phong trào đấu tranh đòi thả Phan Bội Châu và để tang Phan Châu Trinh.